Рассмотрим ситуацию подробно. Организация применяла УСН, затем перешла на АУСН с марта. Зарплату за март и апрель выплатили, НДФЛ перечисляли, но реестры выплат по сотрудникам отправили в банк или в личный кабинет АУСН только в начале мая. После этого на едином налоговом счете появилось отрицательное сальдо, и возник вопрос: мог ли НДФЛ задвоиться на ЕНС из-за того, что реестры выплат отправили поздно?
Короткий вывод: само по себе позднее направление реестров выплат при АУСН обычно не должно приводить к автоматическому двойному начислению НДФЛ на ЕНС. При АУСН налоговая получает данные по НДФЛ не через расчет 6-НДФЛ и не через уведомления об исчисленных суммах, а через сведения, переданные уполномоченным банком или через личный кабинет налогоплательщика. Поэтому если организация не подавала лишние уведомления по НДФЛ и не отправляла один и тот же реестр дважды как разные выплаты, реальное задвоение именно НДФЛ маловероятно.
Но отрицательное сальдо ЕНС нужно обязательно разобрать. При переходе с УСН на АУСН причина минуса может быть не в НДФЛ, а в другом начислении: авансовом платеже по УСН за период до перехода, налоге АУСН за первый месяц применения режима, пенях, старой задолженности, неверном зачете платежа, несвоевременно сформированной обязанности или расхождении между данными банка, ФНС и 1С.
Сначала выясним причину, почему ситуация с НДФЛ на АУСН отличается от обычной УСН. На обычной УСН работодатель сам исчисляет НДФЛ, удерживает его при выплате дохода, перечисляет налог и сдает отчетность по НДФЛ. Также по общему порядку налоговые агенты представляют уведомления об исчисленных суммах налога, чтобы ФНС понимала, какую обязанность нужно сформировать на ЕНС.
При АУСН порядок другой. Организация или ИП на АУСН не освобождается от обязанностей налогового агента по НДФЛ, но механизм передачи данных меняется. Работодатель передает сведения о выплатах работникам через уполномоченный банк или через личный кабинет АУСН. На основании этих сведений рассчитывается НДФЛ и формируется информация для налогового органа.
Рассмотрим подробнее. По сотруднику в реестре выплат обычно передаются такие данные:
ФИО сотрудника;
ИНН сотрудника, если он указан;
сумма выплаченного дохода;
вид дохода;
сумма облагаемого дохода;
суммы стандартных или профессиональных вычетов, если они применяются;
сумма исчисленного и удержанного НДФЛ;
дата выплаты дохода.
Именно эти сведения важны для формирования обязанности по НДФЛ. Поэтому при АУСН не нужно автоматически переносить логику обычной УСН и думать, что налоговая одновременно получила обязанность из нескольких отчетов. Если организация применяет АУСН, она, как правило, не представляет 6-НДФЛ и уведомления об исчисленных суммах НДФЛ за периоды применения АУСН. Поэтому источников для двойного начисления НДФЛ обычно меньше.
Теперь разберем саму проблему. Зарплата за март и апрель была выплачена вовремя, НДФЛ перечислялся, но реестр выплат отправили только в начале мая. Что в этот момент видит ЕНС?
Если деньги перечислялись на ЕНС раньше, чем ФНС получила сведения о соответствующей обязанности, то на счете могла временно числиться переплата или положительное сальдо. Когда реестр выплат поступил позднее, налоговая получила основание сформировать обязанность по НДФЛ и зачесть ранее перечисленные деньги в счет этой обязанности. Это не задвоение. Это обычная ситуация, когда платеж пришел раньше, а начисление появилось позже.
Посмотрим на пример. Организация выплатила зарплату 25 марта и удержала НДФЛ 30 000 руб. Деньги на ЕНС перечислила 28 марта. Реестр выплат за март отправила только 5 мая. До отправки реестра на ЕНС может быть не видно конкретной обязанности по мартовскому НДФЛ. После поступления реестра ФНС отражает обязанность, и ранее перечисленные 30 000 руб. распределяются на этот налог. Если на ЕНС было достаточно денег, минуса быть не должно. Если же параллельно появились другие обязанности, сальдо может стать отрицательным.
Задвоение НДФЛ возможно не из-за самого факта поздней отправки реестра, а из-за дублирования источников данных или ошибок в переданных сведениях. Поэтому не делайте вывод только по общему минусу на ЕНС. Сначала разложите сальдо по начислениям и платежам.
Хотя в типовой ситуации двойное начисление НДФЛ при АУСН маловероятно, рассмотрим случаи, когда похожий эффект действительно может появиться.
Один и тот же реестр выплат отправили дважды как разные выплаты. Например, мартовскую зарплату передали в банк, а затем те же суммы вручную повторно отправили через личный кабинет АУСН. Если система не распознала дубликат, может появиться лишняя обязанность.
Данные передали и банк, и организация вручную. Если банк направил сведения, а бухгалтер дополнительно внес те же выплаты в личном кабинете АУСН, нужно проверить, не сформировалась ли обязанность дважды.
На АУСН ошибочно подали уведомление об исчисленных суммах НДФЛ. Если организация продолжила работать по привычке как на обычной УСН и отправила уведомление по НДФЛ, а затем еще отправила реестр выплат, возможно расхождение по ЕНС. В этом случае нужно выяснить, приняла ли ФНС уведомление и сформировала ли по нему обязанность.
В реестр попали выплаты не за тот период или не с той датой. Например, мартовская выплата указана как майская или одна и та же выплата попала в два разных месяца.
Сумма НДФЛ в реестре не совпала с фактически удержанной и перечисленной суммой. Тогда на ЕНС может появиться недоимка не потому, что налог задвоился, а потому что обязанность по данным ФНС больше платежа.
При переходе на АУСН часть выплат относится к периоду обычной УСН, а часть — к периоду АУСН. Если выплаты за февраль или март неправильно распределили между режимами, данные могут попасть в разные механизмы учета.
Разберем вывод: проверять нужно не только сумму платежей, но и источник начисления. Если в детализации ЕНС по НДФЛ видно две обязанности на одну и ту же дату, по одному и тому же периоду и на одну и ту же сумму, тогда можно говорить о возможном дублировании. Если же минус возник из-за УСН, АУСН, пеней или другого налога, проблема не в НДФЛ.
Теперь посмотрим на переходный период. В вопросе важная деталь: организация перешла на АУСН с УСН. При таком переходе в одном календарном году могут одновременно существовать обязательства по старому режиму и по новому режиму.
Если организация применяла УСН в январе и феврале, а с марта перешла на АУСН, то за период до перехода остаются обязанности по обычной УСН. При этом с марта уже появляется налог АУСН, который рассчитывается по правилам автоматизированной системы. Также остаются обязанности налогового агента по НДФЛ, но порядок передачи данных меняется.
Рассмотрим, какие начисления могут появиться на ЕНС в переходный период:
налог или авансовый платеж по УСН за период до перехода;
налог АУСН за март;
налог АУСН за апрель;
НДФЛ с выплат работникам за период применения АУСН;
НДФЛ с выплат, относящихся к периоду до перехода, если они были выплачены до начала применения АУСН или отражены по старому порядку;
страховые взносы за период до перехода, если такие обязанности остались;
взносы на травматизм, если они подлежат уплате отдельно;
пени, если платежи или сведения прошли позже срока;
старые недоимки или перераспределения по ЕНС.
Именно поэтому отрицательное сальдо ЕНС нельзя автоматически считать «задвоенным НДФЛ». ЕНС работает как общий счет: деньги поступают единым платежом, а ФНС распределяет их между разными обязанностями. Если одновременно появилось несколько начислений, сальдо может уйти в минус, хотя НДФЛ учтен один раз.
Посмотрим на условный пример. ООО применяло УСН в январе и феврале, а с 1 марта перешло на АУСН. За март и апрель организация выплачивала зарплату и удерживала НДФЛ. Реестры выплат за март и апрель отправила только 5 мая.
На ЕНС могут произойти такие события:
в феврале или марте организация перечислила ЕНП для уплаты НДФЛ и других налогов;
по периоду УСН возникла обязанность по авансовому платежу или налогу за период до перехода;
по марту ФНС рассчитала налог АУСН;
по апрелю ФНС рассчитала налог АУСН;
после отправки реестров выплат ФНС получила сведения по НДФЛ за март и апрель;
ЕНП распределился между всеми возникшими обязанностями;
если перечисленных средств оказалось меньше совокупной обязанности, появилось отрицательное сальдо.
В такой цепочке бухгалтер может видеть, что «после отправки реестров появился минус», и сделать вывод, что НДФЛ начислили дважды. Но фактически минус мог появиться потому, что в тот же период ЕНС погасил УСН, налог АУСН или старую задолженность. Поэтому сначала нужно проверить детализацию списаний.
Разберем по шагам, как провести проверку. Не начинайте с повторной оплаты. Сначала получите расшифровку, иначе можно пополнить ЕНС еще раз и не понять, какая обязанность была закрыта.
Откройте личный кабинет налогоплательщика и перейдите в раздел ЕНС.
Посмотрите не только общее сальдо, но и детализацию операций.
Отберите операции по НДФЛ за март и апрель.
Сравните даты возникновения обязанности с датами выплат зарплаты.
Сравните суммы НДФЛ по ЕНС с суммами в реестрах выплат.
Проверьте, нет ли двух одинаковых начислений по НДФЛ за один и тот же период.
Проверьте, не было ли отправлено уведомление об исчисленных суммах НДФЛ по привычке после перехода на АУСН.
Проверьте, не были ли те же выплаты переданы одновременно через банк и через личный кабинет АУСН.
Посмотрите, какие еще обязанности были погашены ЕНП в тот же период.
Запросите справку о сальдо ЕНС и акт сверки принадлежности сумм ЕНП, если детализации в личном кабинете недостаточно.
Главный контрольный признак задвоения — две обязанности по НДФЛ на одну и ту же выплату. Если суммы НДФЛ за март и апрель в ЕНС совпадают с реестрами и отражены один раз, значит НДФЛ не задвоился. Тогда ищите минус в других налогах и начислениях.
Если в личном кабинете ФНС непонятно, за что списаны деньги, проведите сверку с инспекцией. Рассмотрим, какие документы помогут.
Справка о наличии положительного, отрицательного или нулевого сальдо ЕНС. Она покажет состояние единого налогового счета на дату формирования. Если сальдо отрицательное, в расшифровке нужно увидеть, по каким налогам и периодам образовалась задолженность.
Справка о принадлежности сумм денежных средств, перечисленных в качестве ЕНП. Она помогает понять, какие платежи поступили на ЕНС и куда они были распределены.
Акт сверки принадлежности сумм денежных средств, перечисленных или признаваемых в качестве ЕНП. Это более подробный документ для сверки начислений, платежей и распределения денег по обязательствам.
Детализация операций ЕНС в личном кабинете. По ней удобно быстро увидеть даты начислений, списаний, резервов и распределений.
Разберем, как использовать эти документы. В справке о принадлежности сумм ЕНП смотрите, куда ушли ваши платежи. В акте сверки смотрите, какие обязанности ФНС признала и какими платежами их закрыла. Если платежи по НДФЛ фактически ушли на УСН или иной долг, то на НДФЛ мог остаться минус, хотя деньги организация перечисляла.
Это важный момент: при ЕНС организация не платит «конкретный НДФЛ» отдельным изолированным платежом в прежнем смысле. Она пополняет единый счет, а дальше деньги распределяются по совокупной обязанности. Поэтому фраза «мы НДФЛ оплатили» требует проверки: деньги могли поступить на ЕНС, но быть зачтены в первую очередь в другой долг.
Поскольку организация перешла на АУСН с УСН, отдельно разберем старый режим. Если до марта организация работала на УСН, то за период до перехода могли остаться обязанности по УСН. Даже если налог был уплачен в срок, нужно проверить, как он отразился на ЕНС и не был ли платеж распределен на другие задолженности.
Проверьте следующие вопросы:
с какой даты официально началось применение АУСН;
за какие месяцы в текущем году организация еще применяла УСН;
есть ли начисление по УСН за период до перехода;
подавались ли уведомления по УСН или декларация, если они требовались в вашей ситуации;
какие суммы ЕНП были перечислены для закрытия УСН;
не ушел ли платеж, который бухгалтер считал платежом по УСН, на погашение другого обязательства;
нет ли пеней по УСН из-за разрыва между датой обязанности и датой распределения платежа.
Посмотрим на практический пример. Организация перечислила 50 000 руб. на ЕНС, считая, что это аванс по УСН. Но на дату распределения на ЕНС уже была более ранняя задолженность по другому налогу или пени. ФНС могла направить часть денег на эту задолженность. В результате бухгалтер видит: «УСН оплатили», а в ЕНС все равно есть минус. Формально деньги перечислены, но принадлежность платежа оказалась другой.
Поэтому при переходе с УСН на АУСН обязательно сверяйте не только факт платежа, но и его распределение на ЕНС.
При АУСН налоговый период — месяц. Налог по АУСН рассчитывается автоматически на основании данных, которые поступают в ФНС от банков, онлайн-касс и из личного кабинета налогоплательщика. Это еще один источник начислений на ЕНС, который может совпасть по времени с НДФЛ.
Разберем, что проверить:
рассчитан ли налог АУСН за март;
рассчитан ли налог АУСН за апрель;
совпадают ли доходы и расходы в личном кабинете АУСН с данными банка и 1С;
не попали ли в базу АУСН поступления, которые относятся к периоду УСН;
не были ли доходы ошибочно подтверждены дважды;
правильно ли выбран объект налогообложения АУСН;
не возникла ли обязанность по АУСН, которую бухгалтер не учел при пополнении ЕНС.
Если налог АУСН за март и апрель рассчитан одновременно или почти одновременно с отражением НДФЛ по реестрам, общее сальдо может резко измениться. Визуально это может выглядеть как «после реестров НДФЛ стало плохо», хотя фактически вместе с НДФЛ на ЕНС лег еще и налог АУСН.
Теперь разберем сами реестры выплат. Именно они являются ключом к НДФЛ на АУСН.
Откройте реестр выплат за март.
Проверьте список сотрудников.
Сравните суммы доходов с ведомостями на выплату зарплаты.
Сравните суммы НДФЛ с расчетом зарплаты в 1С.
Проверьте дату выплаты дохода.
Убедитесь, что мартовские выплаты не попали в апрельский или майский реестр повторно.
Откройте реестр выплат за апрель и выполните такую же проверку.
Проверьте статус отправки каждого реестра: создан, отправлен, принят, отклонен, обработан.
Проверьте, нет ли корректирующего или повторного реестра с теми же суммами.
Сравните данные банка, личного кабинета АУСН и 1С.
Если обнаружим, что один и тот же сотрудник с одной и той же суммой дохода и НДФЛ попал в два реестра, тогда нужно разбираться с корректировкой. Если же март и апрель отражены один раз, а суммы совпадают, ищите причину минуса не в задвоении НДФЛ.
Рассмотрим решение на случай реального дублирования. Если вы видите, что одинаковая выплата попала в ФНС дважды, не пытайтесь решить проблему повторной оплатой. Сначала нужно убрать лишнюю обязанность или скорректировать сведения.
Определите, через какой канал ушел дубль: через банк, через личный кабинет АУСН или через 1С.
Проверьте, есть ли в банке возможность отозвать, аннулировать или скорректировать реестр.
Проверьте в личном кабинете АУСН, доступна ли корректировка сведений по НДФЛ.
Если корректировка через интерфейс недоступна, подготовьте обращение в ИФНС с описанием ошибки.
В обращении укажите период, сумму, сотрудников и причину дублирования.
Приложите реестры, ведомости на выплату, расчет НДФЛ и платежные документы.
После корректировки повторно запросите детализацию ЕНС или акт сверки.
Цель исправления — не просто пополнить ЕНС, а убрать ошибочную обязанность. Если обязанность задвоена, повторная оплата закроет минус, но ошибка в данных останется. Позже придется возвращать или зачитывать переплату, а это усложнит учет.
Еще одна возможная причина путаницы — бухгалтер по привычке после УСН продолжил подавать уведомления об исчисленных суммах НДФЛ. При АУСН за периоды применения этого режима такие уведомления по НДФЛ обычно не представляются, потому что сведения должны поступать через механизм АУСН.
Разберем порядок действий:
Проверьте, подавались ли уведомления об исчисленных суммах НДФЛ за март и апрель.
Сравните суммы уведомлений с суммами реестров выплат.
Проверьте, отразились ли уведомления как обязанность на ЕНС.
Если уведомление подано ошибочно, уточните порядок его исправления через личный кабинет, оператора ЭДО или ИФНС.
Подготовьте пояснение, что организация применяет АУСН с соответствующей даты, а сведения по НДФЛ передаются через банк или личный кабинет АУСН.
После исправления повторно проверьте ЕНС.
Если уведомление по НДФЛ не подавалось, а реестры не дублировались, вероятность двойного начисления НДФЛ заметно снижается.
Теперь посмотрим, как подойти к проверке в 1С. Названия разделов могут отличаться в зависимости от конфигурации и версии программы, но общая логика одинаковая: нужно сверить начисления зарплаты, удержанный НДФЛ, ведомости на выплату, банковские списания, реестр выплат при АУСН и данные ЕНС.
В 1С:Бухгалтерия предприятия используйте следующие объекты и разделы:
Организации — проверьте систему налогообложения и дату перехода на АУСН.
Налоги и отчеты — проверьте настройки налогового режима.
Обмен с сервисом АУСН — проверьте подключение обмена и настройки передачи данных.
Начисление зарплаты — проверьте суммы начислений и НДФЛ по сотрудникам.
Ведомость в банк или Ведомость на счета — проверьте суммы выплат и даты фактического перечисления зарплаты.
Списание с расчетного счета — проверьте банковские операции по выплате зарплаты и перечислению ЕНП.
Выплаты сотрудникам при использовании АУСН — сформируйте отчет для проверки доходов, вычетов и НДФЛ при АУСН.
Операции по ЕНС или раздел учета единого налогового счета — проверьте начисления, платежи и распределение сумм.
В 1С:Зарплата и управление персоналом дополнительно проверьте:
Организации — настройки применения АУСН;
Начисления — категории доходов для АУСН;
Начисление зарплаты и взносов — расчет НДФЛ по сотрудникам;
Ведомости в банк — даты и суммы фактических выплат;
Отчеты по НДФЛ — расшифровку удержанного налога;
Синхронизация данных с бухгалтерской базой, если зарплата ведется отдельно от бухгалтерии.
Специальный код 1С для решения этой задачи обычно не нужен. Это не программная ошибка, а сверочная задача: нужно сопоставить данные в 1С, банке, личном кабинете АУСН и ЕНС.
Разберем практический способ. Сформируйте отчет по выплатам сотрудникам при АУСН за март и апрель. Затем отдельно выгрузите или выпишите суммы НДФЛ из реестров, которые отправлялись в банк или ФНС. После этого сравните эти суммы с начислениями ЕНС по НДФЛ.
Если сумма НДФЛ по марту в 1С равна сумме в реестре и равна сумме обязанности на ЕНС, значит март не задвоен. Если сумма по апрелю также совпадает один к одному, значит и апрель не задвоен. Тогда отрицательное сальдо нужно искать в других строках ЕНС.
Посмотрим на пример:
НДФЛ за март по 1С — 18 200 руб.
НДФЛ за март в реестре — 18 200 руб.
НДФЛ за март в ЕНС — 18 200 руб.
НДФЛ за апрель по 1С — 19 500 руб.
НДФЛ за апрель в реестре — 19 500 руб.
НДФЛ за апрель в ЕНС — 19 500 руб.
В такой ситуации НДФЛ не задвоен. Если при этом на ЕНС минус, смотрим УСН, АУСН, пени, страховые взносы за период до перехода, старые обязательства и распределение ЕНП.
Другой пример:
НДФЛ за март по 1С — 18 200 руб.
НДФЛ за март в первом реестре — 18 200 руб.
НДФЛ за март во втором реестре — 18 200 руб.
НДФЛ за март в ЕНС — 36 400 руб.
Здесь уже есть признаки дублирования. Нужно искать, почему один и тот же март был передан дважды, и корректировать сведения.
Фраза «все оплатили» при ЕНС требует детализации. Деньги могли быть перечислены на единый налоговый счет, но это еще не означает, что они закрыли именно тот налог, который имел в виду бухгалтер. Поэтому разберем проверку платежей.
Соберите все платежные поручения на ЕНП за март, апрель и май.
Проверьте даты фактического списания денег банком.
Проверьте, поступили ли суммы на ЕНС.
Сравните поступления с данными справки о принадлежности сумм ЕНП.
Посмотрите, какие обязанности были погашены этими платежами.
Проверьте, не было ли платежей, отправленных не как ЕНП или с ошибочными реквизитами.
Проверьте, не были ли деньги зарезервированы под одно обязательство, а затем перераспределены.
Если платеж ушел не туда, где его ожидали увидеть, это не всегда ошибка ФНС. ЕНС распределяет деньги по установленной очередности. Если на счете есть более ранняя задолженность, пени или уже сформированная обязанность, деньги могут закрыть ее раньше, чем текущий НДФЛ.
Если после сверки выяснили, что НДФЛ не задвоился, а отрицательное сальдо связано с УСН, действуйте отдельно по старому режиму.
Проверьте период применения УСН до перехода на АУСН.
Проверьте налоговую базу по УСН за этот период.
Проверьте, был ли рассчитан авансовый платеж или налог к уплате.
Проверьте, подавались ли необходимые уведомления или декларации по периоду УСН.
Сравните начисление по УСН на ЕНС с расчетом в 1С.
Если налог был уплачен, проверьте распределение платежа.
Если платеж ушел на другой налог, пополните ЕНС на недостающую сумму или разберитесь с перераспределением через ИФНС.
Если начисление по УСН ошибочное, подготовьте пояснение и корректирующие документы. Если начисление верное, но платеж распределился иначе, нужно закрыть недоимку или добиться корректного отражения платежа после сверки.
Если отрицательное сальдо возникло из-за налога АУСН, проверьте расчет налога за март и апрель. При АУСН налог рассчитывается на основании данных, поступивших в ФНС. Поэтому ошибка может быть не в НДФЛ, а в налоговой базе АУСН.
Откройте личный кабинет АУСН.
Проверьте доходы за март.
Проверьте расходы за март, если применяется объект «доходы минус расходы».
Проверьте расчет налога за март.
Повторите проверку за апрель.
Сверьте данные с банковской выпиской и 1С.
Если в базу попала лишняя операция, скорректируйте ее через доступный механизм личного кабинета или через обращение.
Обратите внимание: если в марте или апреле были поступления, которые бухгалтер считал относящимися к периоду УСН, а ФНС включила их в АУСН, может возникнуть спор по налоговой базе. В таком случае разбирайте дату поступления денег, режим налогообложения на дату поступления и правила переходного периода.
Соберем практический алгоритм в один список. Используйте его, чтобы не запутаться в ЕНС.
Зафиксируйте дату перехода на АУСН. В рассматриваемой ситуации это март, но проверьте, что переход действительно подтвержден ФНС с 1 марта.
Определите период, который еще относится к УСН. Обычно это месяцы до начала применения АУСН.
Сформируйте в 1С расчет зарплаты за март и апрель.
Сформируйте отчет Выплаты сотрудникам при использовании АУСН или аналогичную расшифровку.
Сравните суммы НДФЛ в 1С с реестрами выплат, отправленными в банк или личный кабинет АУСН.
Проверьте, не отправлялись ли реестры повторно.
Проверьте, не подавались ли уведомления по НДФЛ за периоды АУСН.
Откройте ЕНС и найдите начисления именно по НДФЛ за март и апрель.
Сравните обязанности по НДФЛ на ЕНС с реестрами.
Если НДФЛ отражен один раз, переходите к проверке УСН и налога АУСН.
Запросите справку о сальдо ЕНС и акт сверки, если личный кабинет не дает понятной расшифровки.
После выяснения причины минуса закройте реальную задолженность или подайте корректировку, если начисление ошибочное.
Рассмотрим ошибки, которых лучше избежать.
Не перечисляйте повторно НДФЛ только потому, что на ЕНС появился минус. Сначала выясните, какой налог создал отрицательное сальдо.
Не отправляйте повторный реестр выплат без понимания статуса первого реестра. Повторная отправка может как раз создать дублирование.
Не подавайте уведомление по НДФЛ за период АУСН по привычке. Сначала проверьте, нужен ли такой документ в вашей ситуации. Обычно при АУСН сведения идут через другой механизм.
Не исправляйте данные в 1С вручную без сверки с банком и ФНС. Если 1С будет показывать одно, банк другое, а ФНС третье, сверка станет сложнее.
Не игнорируйте УСН за период до перехода. Старый режим не исчезает автоматически из расчетов только потому, что организация начала применять АУСН.
Главная задача — не угадать причину, а разложить ЕНС на конкретные обязанности и платежи.
Если после проверки в личном кабинете все равно непонятно, почему образовался минус, подготовьте обращение в ИФНС. Пишите его максимально конкретно.
В обращении укажите:
дату перехода организации с УСН на АУСН;
периоды, по которым возник вопрос: март и апрель;
суммы выплаченной зарплаты;
суммы удержанного НДФЛ;
даты отправки реестров выплат;
суммы перечисленных ЕНП;
просьбу расшифровать отрицательное сальдо ЕНС по налогам, периодам и основаниям начисления;
просьбу проверить, не отражены ли сведения по НДФЛ за март и апрель повторно;
просьбу предоставить акт сверки или указать, какие документы нужно запросить для сверки.
К обращению приложите реестры выплат, платежные документы, отчет из 1С по НДФЛ и выписку по ЕНС, если она есть. Чем точнее вы сформулируете вопрос, тем выше вероятность получить не общий ответ, а полезную расшифровку.
Проанализируем исходный вопрос еще раз. Организация перешла на АУСН с марта. Зарплату и НДФЛ за март и апрель платили, а реестры выплат отправили в начале мая. После этого на ЕНС появился минус.
Наиболее вероятный вывод: поздняя отправка реестров сама по себе не должна задвоить НДФЛ. При АУСН налоговая обычно формирует обязанность по НДФЛ на основании сведений, поступивших через банк или личный кабинет АУСН. Если 6-НДФЛ и уведомления по НДФЛ за период АУСН не подавались, а реестры не отправлялись повторно, двойного источника начисления по НДФЛ быть не должно.
Но минус на ЕНС требует сверки. Поскольку организация перешла с УСН, обязательно проверьте начисления по старому режиму за период до перехода. Также проверьте налог АУСН за март и апрель, пени, старые задолженности и распределение ЕНП. Очень часто бухгалтер считает, что перечислил деньги «за НДФЛ», а ЕНС направил их на другую обязанность.
Итоговое решение такое: сначала сравните суммы НДФЛ в 1С, реестрах выплат и ЕНС. Если по НДФЛ нет двух одинаковых начислений, ищите причину отрицательного сальдо в УСН, налоге АУСН или распределении ЕНП. Если же обнаружите две обязанности по одной и той же выплате, корректируйте дублирующие сведения через банк, личный кабинет АУСН или обращение в ИФНС.
Правильный порядок действий: проведите сверку ЕНС, запросите справку о сальдо и акт сверки, проверьте реестры выплат, исключите ошибочные уведомления по НДФЛ и отдельно разберите начисления по УСН за период до перехода. Только после этого принимайте решение, нужно ли доплачивать, корректировать сведения или направлять пояснение в налоговую.
Информация носит справочный характер